Der Funtensee ist ein kleiner unscheinbarer See in den verkarsteten Weiten des Steinernen Meeres. Auf einer Höhe von1601 Meter schmiegt er sich umgeben von Bergketten in einen Talkessel.
Entstanden ist der See durch Ablagerungen des Gletschers, der während der letzten Eiszeit dieses Gebiet überdeckte. Die Grundmoräne des Eiszeitriesen lagerte sich in der Doline des Funtensees ab und verdichtete so den Untergrund. Nun konnten sich Bäche und oberirdische Zuflüsse im Funtensee sammeln. Der See hat im Gegensatz zu den meisten anderen Bergseen keinen sichtbaren Abfluss. Sein Wasser gelangt durch den Ponor – ein unter der Wasseroberfläche liegendes Schluckloch, welches am Funtensee auch als Teufelsmühle bezeichnet wird- unterirdisch in den Königsee. Für seine Reise in den 1000 Meter tiefer gelegenen Königsee benötigt das Wasser nicht einmal einen halben Tag.
Eine Besonderheit des Funtensees sind die extrem niedrigen Temperaturen. Selbst im Rekordsommer 2006 wurde hier mit -0,5 Grad Nachtfrost gemessen. Durch die Dolinenform des Tales sackt die kältere, schwere Luft bis zum See ab. Der einzige Abfluss für die kalten Luftmassen befindet sich in der Saugasse, in Richtung Königsee. Die tiefste bisher in Deutschland gemessene Temperatur, wurde Weinachten 2001 auf 1601m am Funtensee gemessen und ist mit – 45,9 Grad bisher ungeschlagen.
Um den See herum haben sich im Zuge der landwirtschaftlichen Nutzung (bis 1964) 3 verschiedene Vegetationsebenen gebildet.
Die sich unmittelbar um den See herum befindende Zone, ist eine durch vorwiegend geschlossene Grasdecken geprägte Nasswiesenlandschadschaft.
Etwas Oberhalb des Sees, ist eine durch typische Alpenblumen, wie Rostsegge und Rasenschmiele bewachsene Weidefläche entstanden. Die durch die ehemalige Viehweidennutzung bedingte Düngung der Wiese, führte zur Ansiedlung von, für die Nähe zu Almhütten, typischen Pflanzen wie Milchkrautweide und Alpenampfer. Vom Königsee aus wird die Weidefläche weiterhin als Schafweide genutzt.
Ober halb des Sees befindet sich die „Baumzone“. Hier finden sich Fichten, Lärchen und Alpenrosen.
Der Funtensee ist über verschiedene Zustiege zu erreichen. Als Übernachtungsmöglichkeit kann das Kärlingerhaus genutzt werden. Der kürzere aber steilere Aufstieg erfolgt über den Königsee, von St. Bartholomä aus. Von hier führt die Saugasse hinauf. Ein weiterer Aufstieg ist über die Wimbachbrücke, Wimbachgrieß möglich. Dieser Aufstieg ist deutlich länger aber nicht ganz so steil. Um den Funtensee herum gibt es zahlreiche Aufstiegsmöglichkeiten auf die umliegenden Massive.
